MBR膜組件有間歇式過濾和簡單的連續(xù)過濾兩種過濾方式。通常采用間歇式過濾，有時也會采用較簡單的連續(xù)過濾方式。不管采用哪種方式，在過濾運行時曝氣必須是連續(xù)進行的。
當(dāng)采用間歇過濾方式時，系統(tǒng)過濾一定時間后，會暫停一小段時間，此時曝氣仍然連續(xù)進行，如下圖所示。
停止過濾時的曝氣可以有效的清潔膜表面，盡管過濾的啟動和停止需要自動控制設(shè)備，但是間歇過濾仍然是推薦的過濾方式，因為其可以保證膜過濾工藝更加有效和穩(wěn)定。推薦的間歇過濾周期為：9min運轉(zhuǎn)，1min停止。MBR膜過濾流程包含兩種，一種是利用水頭差驅(qū)動的重力式過濾，另一種是靠泵抽吸驅(qū)動的過濾。任何情況下，在膜池前都需要安裝精度為3.0mm或者更小的細格柵，否則膜組件可能被原水中帶來的垃圾嚴(yán)重污堵。建議在MBR工藝之前設(shè)置足夠容量的緩沖池（水力均質(zhì)池），從而能夠平衡BOD負荷與過濾水量之間的關(guān)系，進而保證生物處理和膜過濾工藝的穩(wěn)定性。重力式過濾是利用從膜池液面到過濾水出水口間的高度差所產(chǎn)生的天然水頭差作為過濾產(chǎn)水的驅(qū)動力（如下圖所示）。
為了保證過濾時足夠的吸水壓力，從而能夠克服管道閥門的水頭損失，通常情況下產(chǎn)水口的設(shè)計應(yīng)該低于膜池液位（一般低于液位3m或更多）。建議集水管到出水口的設(shè)計采用直接穿墻布管，同時建議產(chǎn)水管出口處能夠設(shè)計成U 型從而能夠進行管路水封。過濾流量由自動控制閥（產(chǎn)水控制閥門）控制。當(dāng)反應(yīng)池內(nèi)的水位到達低液位時，停止過濾出水；如果到達高液位時，停止進原水。在重力過濾時，聚集在配管內(nèi)的空氣，會嚴(yán)重減少有效水頭，每天需實施至少1次排空氣操作，否則有效水頭將急劇衰減。應(yīng)在產(chǎn)水管路最高點設(shè)置空氣排放口，并在排氣口之前安裝自動排氣閥。停止過濾并完全關(guān)閉產(chǎn)水閥，然后打開空氣排放閥幾分鐘，空氣就非常容易的被排出去。
產(chǎn)水流量由流量計和帶自動調(diào)節(jié)閥門的水泵來控制或者由流量計和帶變頻控制的水泵來控制。此外，如果反應(yīng)池內(nèi)的水位達到低液位時，停止過濾出水；如果達到高液位時，停止進原水。在泵抽吸運轉(zhuǎn)的一些案例中，需要安裝一些設(shè)備用于排放產(chǎn)水管內(nèi)聚集的空氣。一些比較常見的方法有：真空泵、水射器或者人工灌注。為了保護膜、防止堵塞，請使用3mm以下的格柵為膜生物反應(yīng)器的原水進行預(yù)處理。推薦使用金屬格網(wǎng)，同時避免任何時候發(fā)生溢流和穿透。在產(chǎn)水管路上設(shè)置流量控制裝置，可以是與產(chǎn)水流量計聯(lián)鎖的自動調(diào)節(jié)閥門，或者是與產(chǎn)水流量計聯(lián)鎖的變頻抽吸泵。如果一列膜池中包含多系列膜組件，建議在一列膜系統(tǒng)上安裝一個流量控制裝置即可。跨膜壓差是通過測定膜內(nèi)外的壓力（在產(chǎn)水管路和在膜池中的壓力）值并經(jīng)過計算得到的，可以選擇在產(chǎn)水管和膜池上分別安裝壓力表或壓力變送器，并經(jīng)PLC計算后直接讀出，也可以選擇使用壓差計。空氣供給裝置的作用是供給用于曝氣的空氣。每一臺膜組件的空氣供給量依據(jù)廠家技術(shù)手冊中所示的膜組件標(biāo)準(zhǔn)曝氣量選定。推薦采用氣體流量計來監(jiān)測空氣量。如果每列膜池中包含多個系列膜組件，建議在每列膜系統(tǒng)上至少安裝一個氣體流量計。在泵抽吸過濾模式中，抽吸泵是必要的。由于精確產(chǎn)水流量控制的需要，抽吸泵需要變頻控制。推薦采用帶有自吸功能的蝸殼泵（離心泵）或者采用帶有自吸功能的容積泵（螺桿泵）。液位計是必要的，安裝在膜池中用來監(jiān)測膜池液位，并用來在PLC上計算跨膜壓差。在泵抽吸運轉(zhuǎn)且產(chǎn)水排放口低于膜池的案例中，可能出現(xiàn)由于虹吸現(xiàn)象，過濾不會因為水泵的停止而停止。要防止這種虹吸情況的發(fā)生，必須在產(chǎn)水泵后安裝虹吸破壞管。